Το Ιστορικό – Εθνολογικό Μουσείο Λιβαδειάς ξεκίνησε να λειτουργεί τον Νοέμβριο του 2000, ενώ οι αρχικές ενέργειες για την υλοποίησή του ξεκίνησαν στα τέλη του 1997. Η έρευνα πεδίου για τον εντοπισμό, καταγραφή και απόκτηση των πρώτων αντικειμένων της συλλογής του απαίτησε χρονικό διάστημα δύο ετών, στο τέλος των οποίων η συλλογή του μουσείου απαριθμούσε περισσότερα από 700 αντικείμενα. Δυστυχώς, το Μουσείο λειτούργησε για μικρό χρονικό διάστημα. Παρέμεινε κλειστό επί σειρά ετών και είχε ως αποτέλεσμα την κτηριακή υποβάθμισή του. Ο Δήμος Λεβαδέων προχώρησε στην ανακαίνιση του κτηρίου και στην ανανέωση των αιθουσών. Τα εγκαίνια για την επαναλειτουργία του Μουσείου πραγματοποιήθηκαν την Κυριακή 27 Μαΐου 2012. Η νέα οργάνωση του Μουσείου, όσον αφορά στην παρουσίαση των εκθεμάτων, ακολουθεί μια χρονική – ιστορική πορεία. Στην πρώτη αίθουσα στεγάζεται η αίθουσα εικονικής πραγματικότητας, στην οποία παρουσιάζεται η ψηφιακή αναπαράσταση του Μαντείου του Τροφωνίου, ενός εκ των σημαντικοτέρων μαντείων της αρχαιότητας. Η αίθουσα εικονικής πραγματικότητας δημιουργήθηκε με την πετυχημένη συνεργασία του Ιδρύματος Μείζονος Ελληνισμού, του Δήμου Λεβαδέων, της πρώην Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης Βοιωτίας και της Αναπτυξιακής Εταιρείας Περιφερειακής Ενότητας Βοιωτίας.
Η δεύτερη αίθουσα είναι αφιερωμένη στον Λιβαδείτη αγωνιστή και θαλασσομάχο Λάμπρο Κατσώνη με την μεταφορά της συλλογής του Λάμπρου Κατσώνη από τον Πύργο του Μεσαιωνικού Κάστρου που ήταν αρχικά τοποθετημένη. Στη συνέχεια παρουσιάζονται αντικείμενα καθημερινού βίου, ενώ στην αίθουσα Τάκη Γ. Σαμαρτζή ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να δει ένα δείγμα της αστικής εικόνας της Λιβαδειάς. Ακολουθεί η αίθουσα που είναι αφιερωμένη στο σημαντικό Λιβαδείτη ιστορικό και συγγραφέα Τάκη Λάππα και τέλος λειτουργεί ειδική ενότητα η οποία αναφέρεται στην υδροκίνηση με κυρίαρχο έκθεμα έναν ανακατασκευασμένο αλεστικό μηχανισμό. Η επαναλειτουργία του Μουσείου Λιβαδειάς στο υπόγειο της Νεροτριβής, συμπεριλαμβάνεται στις προγραμματισμένες παρεμβάσεις του Δήμου για την αναβάθμιση της περιοχής της Κρύας. Στόχος είναι η επαναχρησιμοποίηση των ιστορικών βιομηχανικών κτηρίων της περιοχής, ώστε να παραδοθεί στο κοινό ένα σύμπλεγμα πολυλειτουργικών δημοσίων χώρων. Το μουσείο στεγάζεται στον αλευρόμυλο- εκκοκκιστήριο και νεροτριβή του Μαγκλάρα. Στόχος του Μουσείου είναι η έρευνα, συλλογή, διαφύλαξη και προβολή των υλικών καταλοίπων της ιστορίας που αφορούν στην περιοχή της Λιβαδειάς. Το Μουσείο απευθύνεται στους επισκέπτες της περιοχής, αλλά συγχρόνως αφορά στους κατοίκους της πόλης, στις σχολικές ομάδες και τους πνευματικούς ανθρώπους της περιοχής και η δομή του βασίζεται στην ενεργή συμμετοχή τους σε όλα τα στάδια της μουσειακής δουλειάς για την πλήρη ανάπτυξη του Μουσείου.
Το Ιστορικό – Εθνολογικό Μουσείο λειτουργεί όλο τον χρόνο τις καθημερινές από τις 08:00 – 14:00. Επισκέψεις μπορούν να πραγματοποιηθούν και εκτός του ωραρίου κατόπιν τηλεφωνικής επικοινωνίας. Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με το Μουσείο, καθώς και για τον προγραμματισμό επισκέψεων σχολείων και συλλόγων οι ενδιαφερόμενοι παρακαλούνται να επικοινωνούν στα τηλέφωνα: του Μουσείου 22610-80997 και του Δήμου: 2261350812-818.